Docker : Folding@home

Folding@home, parfois désigné par l'abréviation FAH, est un projet de recherche médicale dont le but est de simuler le repliement des protéines dans diverses configurations de température et de pression afin de mieux comprendre ce processus, et d'en tirer des connaissances utiles qui pourraient, entre autres, permettre de développer de nouveaux médicaments, notamment contre la maladie d'Alzheimer, la drépanocytose, certains types de cancers et la maladie à coronavirus 2019. C'est un projet de calcul distribué qui fonctionne avec la puissance de calcul non utilisée des ordinateurs et, anciennement, des smartphones et des PlayStation 3 de milliers de volontaires. fr-wikipedia

Prérequis

• Docker doit être installé - docs.docker.com
• Docker-compose doit être installé - docs.docker.com
• Connaitre les bases de Docker + Docker-compose - docs.docker.com
• La machine hôte doit être équipée d'un GPU

Usage

Nous allons utiliser l'image docker fournie par nos amis de Linuxserver - https://hub.docker.com/r/linuxserver/foldingathome

Créons un fichier baptisé docker-compose.yml dans le répertoire de votre choix. Je vous partage ci-dessus le docker-compose.yml que j'ai pris soin de commenter.

• nano docker-compose.yml et ajoutons-y la configuration suivante :

version: "3.7"
services:
  foldingathome:
    image: ghcr.io/linuxserver/foldingathome
    container_name: foldingathome
    environment:
      - PUID=1000 #which user?
      - PGID=1000 #which group? 
      - TZ=Europe/Paris #define your timezone
    volumes:
      - ./config:/config #define where to mount data volume
    ports:
      - 7396:7396 #port needed
      - 36330:36330 #optional
    restart: unless-stopped #always restart unless you volontary stop it

• Enregistrons et fermons l'éditeur nano.
• Démarrons le container - docker-compose up -d

Vous voilà rendu, folding@home tourne dorénavant sur votre machine, en toute transparence. Vous contribuez maintenant à l'un des systèmes les plus rapides au monde permettant de faire avancer la science et plus précisement la médecine !

Sources

• Folding@home - https://foldingathome.org
• Article Folding@home sur la wikipédia francophone - https://fr.wikipedia.org/wiki/Folding@home
• Image linuxserver/foldingathome - https://hub.docker.com/r/linuxserver/foldingathome